하지만 한국 정부와 한국인들의 자국 주권에 대한 관심이 높아짐에 따라 주한 미군의 지위가 다른 국가에 주둔하고 있는 미군과 비교하여 더 좋은 대우를 받고 있다는 인식이 고조되었다. 이에 따라 1959년과 60년에 한국 정부는 주한 미군의 지위에 관하여 미국과 협상을 하였지만 구체적인 진전이 이루어지지 않았다. 그러다가 이승만 정권이 무너진 후에 협상 개시에 대한 한국인들의 압력이 높아지자 장면 정부는 강력하게 협상의 개시를 요구하였다.

이렇게 「주둔군 지위협정」의 체결에 대한 한국의 압력이 거세지자 미 국무부는 1961년부터 「주둔군 지위협정」을 위한 협상을 개시할 필요성이 있다는 인식을 점차 가지게 되었다. 따라서 범죄자 재판권이 「주둔군 지위협정」에 포함되는 것에 대한 국방부의 반대 입장에도 불구하고 국무부는 국방부의 동의를 얻어 한국과 사전회담을 개최하였다. 하지만 실질적으로 협의가 시작되기도 전에 장면 행정부가 군사정변에 의하여 붕괴됨에 따라 이러한 협상은 한동안 진척을 보지 못하였다. 한국은 1962년부터 지속적으로 협상의 재개를 요구하였으나 미국은 정상적인 사법절차가 복원되지 않았다는 이유로 한동안 협상에 응하지 않았다.

군사정부와 향후의 박정희 정부 역시 「주둔군 지위협정」의 초기 체결에 대하여 적극적이었다. 이러한 한국 정부의 의도는 1966년 7월에 「주둔군 지위협정」 체결이 타결되기까지 이 문제를 국내정치적 활용이라는 차원으로 접근한 한국 정부의 자세를 통하여 이해될 수 있다. 한국의 입장에서 볼 때 주한 미군의 지위에 관한 협정의 타결은 한일 관계 정상화에 따른 정치적 부담감을 부분적으로 해소시키는 데 도움을 줄 수 있었다. 왜냐하면 협정의 타결을 통하여 미국이 한국에 대한 안보 공약을 강화시키고 있다는 인상을 줄 수 있기 때문이었다.

1961년 당시의 미국 국무부의 입장을 통하여 알 수 있듯이 미국은 1960년대 초반에 「주둔군 지위협정」을 위한 협상을 개시할 의도를 가지고 있었다. 여기에서 「주둔군 지위협정」 체결의 필요성에 대한 미국의 인식은 미국에 우호적인 안정된 반공정부의 유지라는 한반도 정책의 본질적 목적과도 밀접한 연관을 맺고 있었다. 즉 미국은 「주둔군 지위협정」 문제를 한국 내부의 민족주의적 감정과 주권의식에 대한 대응이라는 차원에서 접근한 것이었다. 따라서 미국이 군사정부의 등장 이후에 지속된 한국 정부의 「주둔군 지위협정」 체결 요구를 한동안 무시한 것은 한국의 상황 변화에 따라 관망적 자세를 보인 것으로 이해될 수 있다.

한편 「주둔군 지위협정」을 위한 협상은 한국의 베트남 파병으로부터도 부분적으로 영향을 받고 있었다. 한국의 비전투부대의 파병이 추진되고 미국 내에서 한국군의 전투부대 파병문제가 막 논의되던 1965년 2월의 상황에서 그린 극동문제담당차관보는 「주둔군 지위협정」의 체결 과정에서 미국은 자신의 베트남 정책에 가장 적극적인 한국의 입장을 반영해야 한다는 견해를 피력하였다. 또한 1966년 4월에 작성된 CIA 정보 보고서 역시 「주둔군 지위협정」에 대한 협상과정에서 미국이 소극성을 보일 경우 한국 야당의 비판에 직면할 것이라고 지적하고 있다. 또한 이러한 비판이 매우 효과적일뿐만 아니라 한국에서의 정치적 불안정을 야기할 수 있을 것이라 보고 있다. 그러면서 동 보고서는 이러한 정치적 불안정이 미국의 국익에 도움이 되지 않을 것이라 평가하였다. 이러한 점을 볼 때 「주둔군 지위협정」 협상의 개시는 「주둔군지위협정」 문제가 해결되지 않을 경우 한국 내에 반미분위기가 고조되고 결과적으로 미국의 동맹 목적 유지에 해가 될 것이라는 판단 때문에 취해진 조치로 볼 수 있다.

1966년 7월 9일에 조인된 「주둔군 지위협정」(정식명칭은 「대한민국과 미합중국간의 상호방위조약 제4조에 의한 시설과 구역 및 대한민국에서의 합중국군대의 지위에 관한 협정」)의 주요 내용은 다음과 같다. ① 관할권 관련: 미군의 비공무중의 범죄에 대해 대한민국이 1차적 관할권을 갖는다. ② 노무조항 관련: 미군은 가능한 한 한국 정부의 모집기관을 통하여 한국인 고용인을 직접 채용할 것이며 고용조건 및 보상에 있어서 한국 노동법의 제반 규정을 준수할 것이다. 또한 노동쟁의의 해결을 위한 절차를 마련할 것이다 ③ 청구권조항 관련: 주한미군 구성원에 의해 발생하는 청구권에 대한 해결 권한과 책임을 점차 한국 정부에 이양할 것이다. 또한 청구권해결에 소요되는 경비의 75%를 미국 측이 25%를 한국정부가 부담한다. ④ 기타 주한미군이 사용하는 시설과 구역, 접수국법령의 존중, 통관과 관세, 현지조달, 외환관리, 군표, 보건 위생 등에 관하여 규정되어 있다.