독도는 오래 전부터 우리나라가 실효적으로 지배하고 있어 일본이 간혹 자기 영토라고 주장을 해도 우리 정부에서는 대응을 하지 않는다는 원칙을 고수해 왔다. 그러다가「신 한·일 어업협정」을 위한 협상 초기에 일본은 독도가 일본의 섬이기 때문에 울릉도와 독도 중간에 경계를 획정해야 한다고 주장하였다. 일본의 이러한 주장에 대하여 우리 정부는 지리적으로나 역사적으로 독도는 우리의 영토임을 강하게 주장하였다. 이러한 논박이 계속되면서 어업협상이 답보상태를 보이자 양국 정상 간에 어업협정 교섭과 독도문제를 별개로 할 것을 합의하면서 협상의 실마리가 풀리기 시작하였다. 즉 당시 상황에서 볼 때 독도에 대한 영유권 문제는 해결할 수 없음을 양국 정상이 인정함으로써 독도가 경제수역을 갖는가 그렇지 못한 암석인가 하는 문제까지도 의미가 없어진 것이다.

독도분쟁의 본질적 문제는「해양법」상의 지위에 관한 문제와 어업협정상 중간수역과 관련한 문제로 나누어 볼 수 있다. 우선「해양법」상의 지위에 관한 문제로서 이것이 양국 간에 공식적으로 처음 논의된 것은 어업협정 체결을 위한 협상 때였다. 당시 일본은 독도가 경제수역을 갖는 섬이라고 주장을 했고, 우리나라는 독도가 분명히 우리의 영토이기는 하나 명분과 실리의 측면에서「유엔 해양법협약」 제121조 제3항에 의한 암석이라는 입장을 견지하였다. 

결국 어업협정에서는 독도가 울릉도와는 달리 35해리 경제수역을 갖지 못하는 것으로 합의하였다. 이것을 그대로 해석하면 우리가 주장하는 바와 같이 「유엔 해양법협약」상의 암초라는 입장을 일본이 받아들인 것으로 볼 수 있으나 협정의 어디에도 이것을 명기하고 있지는 않다. 다음 독도의 영해와 중간수역 간의 관계를 보면, 어업협정은 양국의 경제수역에 대해서만 적용되며, 경제수역은 영해의 외측 경계 바깥에서 설정되는 수역이기 때문에 영해는 어업협정의 대상수역이 아니다. 물론 어업협정 상에 중간수역이라는 용어는 없고 그 외곽선을 좌표로써 표기하고 있는데 명칭이 없으면 불편하기 때문에 편의상 중간수역이라고 부르고 있고 일본은 이것을 잠정수역이라고 부르고 있다. 

또한 소위 중간수역은 어업협정이 적용되는 수역의 일부에 대하여 설정된 것이고, 독도의 영해가 중간수역에 둘러싸여 있다고 해서 그 자체가 중간수역이 되는 것이 아니기 때문에 굳이 독도의 영해는 중간수역에서 제외된다 라는 규정을 어업협정 문안에 둘 필요가 없다. 이렇게 독도의 영해는 어업협정의 대상이 아니기 때문에 어업협정에 의해 영향을 받지 않을 뿐 아니라 독도의 영해는 우리나라의 「영해및접속수역법」에 의해 설정되었기 때문에 앞으로도 이 법률에 따라 법적 효과의 변경을 가져오지는 않을 것이다.

해양수산부,《해양어업백서》, 2004
해양수산부,《현대 한일어업관계사 연구》, 2000