1998년 12월 31일 대통령령으로 제정된 「국가공무원총정원령」에서 우선 국가공무원을 대상으로 총정원을 규정함으로써 국가공무원총수의 증가를 억제하고 국가공무원의 분야별 인력관리의 합리성을 제고하기 위한 법령적 기초를 마련하였다.

1. 총정원제의 개념
공무원 총정원제란 공무원의 지속적인 증가를 억제하고 합리적인 인력관리를 위해서 정부가 공무원의 총정원을 법령 혹은 기타 지침의 형태로 규정하고 그 범위 내에서 공무원의 분야별 정원을 조정하려는 정책수단을 제도화한 것이다. 정부에서는 인력운영의 효율성을 제고하고 국가공무원의 수가 무분별하게 증가하는 것을 방지하기 위한 제도적 장치로서 1998년 12월 31일 「국가공무원총정원령」을 제정하였다. 2014년 현재 국가공무원 총정원의 한도는 293,982명으로 제한하고 있다.

2. 총정원제로 공무원 정원을 정하는 이유
첫째로, 인력의 효율적 운영을 통한 공무원 인력의 증가수요에 대처하는 것이다. 총정원제는 단위조직 내 직제와 무관하게 인력의 내부조정이 가능할 뿐만 아니라 외부적으로는 행정환경의 변화에 탄력적으로 적응해 나갈 수 있도록 함으로써 인력운영의 효율성을 높여준다. 또한 신규 발생 행정수요는 인력증원을 유발하기 마련인데, 기존의 기능 가운데 저가치 업무나 수요가 줄어든 부분을 찾아내 제거함으로써 결과적으로 인력은 정예화 되기 마련이다. 따라서 돌발적인 인력감축으로 인한 사기저하와 같은 문제는 발생하지 않을 것이다.

둘째로, 조직관리에 대한 자율성과 융통성의 확보이다. 총정원제 하에서는 제한적이긴 하지만 인력운영과 관련하여 지역특성을 감안한 행정기구 편제에 대한 권한이 단체장에서 위임될 것인데, 이 경우 조직관리에 대한 자율성은 상대적으로 높아지기 마련이다. 과거 내무부가 자치단체를 통제하는 주된 수단이 바로 조직 및 인사권의 행사라는 점을 감안할 때 총정원제의 실시는 지방행정 조직의 자율성과 융통성을 한층 강화시켜 줄 것이다.

셋째로, 자치단체장의 관리이념 혹은 가치체계가 조직관리에 구체적으로 반영될 수 있다는 점이다. 4년이란 제한된 임기가 보장된 정치가로서의 직선 자치단체장은 지역주민의 다양한 가치를 행정의 우선순위 혹은 자신의 가치체계에 비추어 효율적으로 관리할 수 있을 것이다. 행정서비스에 대한 단체장의 가치반영은 바로 지역주민의 평균적 의사의 표현일 것이고, 이것이 단체장의 가치 지향적 조직관리에 다름 아니다. 결과적으로 가치지향적인 조직관리는 주민의 가치는 물론 조직의 산출량을 증대시킬 것이며, 총정원제 하에서의 그 의의가 더욱 강조될 것이다.

현재 총정원제가 적용되는 대상은 국가공무원전체가 아니며, 그 제외대상을 제2조 2항에서 따로 규정하고 있음을 알 수 있다. (「국가공무원총정원령」제2조 참고)

행정자치부,《행정자치백서》, 2002
법제처（http://www.moleg.go.kr）