「정부조직법」
「국무조정실과 그 소속기관 직제」(대통령령 19662호)

1999년 국민의 정부가 출범함에 따라 경쟁력있는 정부를 구현하기 위한 대대적 조직개편이 이루어졌다. 국무총리 행정조정실은 기존의 차관급 조직에서 장관급인 국무조정실로 격상되었고 그 기능 또한 확대 개편되었다.

국무조정실은 헌법기관인 국무총리를 보좌하기 위하여 설립된 기관으로 정부조직법과 대통령령인 국무조정실 직제에 그 기능과 조직등이 상세히 규정되어 있다.국무총리비서실이 국무총리의 원활한 국정수행을 위한 직무보좌와 특명 받은 사항에 관한 사무수행을 주요 기능으로 하는국무총리보좌기관이라면, 국무조정실은 국무총리의 행정적 보좌기관이라 할 수 있다. 즉국무조정실은 국무총리의 내각통할 기능을 보좌하기 위하여 각 중앙행정기관 및 국무총리 소속기관에 대한 지휘·감독, 정책조정, 심사평가 및 규제개혁에 관한 사항, 기타 국무총리가 지시하는 사항을 관장한다. 또한 국무조정실 직제에서는 국무총리의 내각통할기능에 대한 원활한 보좌를 위해 국무조정실에 총괄조정관, 경제조정관, 사회문화조정관, 심사평가조정관 및 규제개혁조정관을 두도록 하고, 조정관실별 기능을 규정하고 있다.

국무조정실 《국무조정실 30년사》2003