1993년 2월 25일에 출범한 문민정부는 신한국 창조를 위한 개혁과제로 부정부패척결, 국가기강확립, 경제의 활력 회복을 선정하여 추진하였다.

검찰의 지속적인 사정활동에도 불구하고 사회지도층 인사들의 대형비리 사건이 연이어 발생하자 공직 및 사회지도층의 근원적 비리척결을 위해 1991년 4월 4일 대검찰청에 공직 및 사회지도층비리특별수사본부를 설치하고 전국 12개 지검 및 38개 지청에 같은 특별수사부(반)를 설치하여 종래의 단편적이고 대중적인 단속이 아닌 유기적이고 종합적이며 근원적인 사정 단속활동을 전개하였다.

검찰에서는 부정부패사범의 효율적 단속을 위해, 1993년 3월 8일 기존의 공직 및 사회지도층비리특별수사본부 및 특별수사부(반)을 체제로 전환 운영함으로써 부정부패 척결을 지속적으로 추진하였다.

국민의 정부는 1998년 2월 25일출범 이후 부정부패척결을 최우선 국정과제로 선정하고 지속적인 단속을 전개하였다. 부정부패는 과거에 비해다소 감소하기는 하였으나 사회저변에 암약하고 있는 고질적인 부패구조가 근절되지 아니하여 국민들의 불신과 지탄의 대상이 되고 있었다. 1999년 9월 17일 검찰에서는 기존의 부정부패특별수사본부를 확대 개편하여 대검찰청 중앙수사부에 반부패특별수사본부를 일선청에 반부패특별수사부(반)를 설치하여 부패척결을 위한 효율적인 수사지휘 체계의 확립, 범정부적 반부패 투쟁의 중심기구 역할을 수행하였다. 이 수사부(반)는 사회 저변에 잔존하고 있는 공직 및 사회지도층비리, 부실기업 및금융기관 임직원비리, 병역비리 등 고질적·구조적 비리척결에 진력하였다.

외환위기 후 국민의 막대한 세금으로 조성된 공적자금의 투입과 그 손실을 유발시키도록 한 각종 비리 사범에 대하여 철저히 책임을 추궁하여야 한다는 지적에 따라, 2001년 12월 1일 부터 2005년 12월 31일까지 대검찰청 중앙수사부에 공적자금비리 특별수사본부를, 일선청에 공적자금비리 특별수사부(반)를 설치하여 집중 단속을 전개하였다. 그 결과, 공적자금 투입과 손실의 원인을 제공한 비리에 대하여 철저한 추궁과 공적자금 회수를 극대화하여 금융부실의 재발을 방지하고 건전한 기업풍토를 조성하여 경제재도약에 기여하였다.

2004년 검찰의 불법 대선자금 수사를 통해 정치적 중립성과 독립성에 대한 국민의 신뢰회복의 전환점을 마련하고 정치권의 불법 정치자금 수수관행을 개선하는 등 정치문화 발전에 일조하였고, 2003년 9월 1일부터 11월 30일까지, 2004년 4월 1일부터 6월 30일까지, 2005년 9월 1일부터 12월 31일까지 대검의 변호사 사건수임 알선 관련 비리 및 수사·재판기관 공무원의 사건 소개 관련 비리를 중점 단속대상으로 하여 특별단속을 실시하여 법조계의 자체정화를 통한 국민신뢰회복에 기여하였다.

한편, 2004년 9월 13일 〈전국특수부장검사회의〉에서 4대 중점 척결대상범죄로 선정된 ‘고위공직자 비리, 공기업 및 정부투자기관 비리, 지방자치단체장 등 지역토착비리, 법조비리’, 2005년 5월 9일〈전국특수부장검사회의〉에서 4대 중점 척결대상범죄로 선정된 ‘권력형 비리, 공기업 및 정부투자기관 비리, 지역토착비리, 민간부문 구조적 비리’ 등에 대해 철저히 단속하도록 지시하여 부패문화를 청산함으로써 국가기강을 확립하고, 국가경쟁력 회복에 기여하였다.

검찰은 대검찰청 반부패특별수사본부, 일선청의 반부패특별수사부(반)를 중심으로 부정부패에 대한 지속적인 단속을 전개하고 있으나 아직도 뿌리 뽑히지 않고 사회 저변에 암약하고 있는 공직 및 사회지도층 비리, 공적자금과 공공기금 손실 유발비리, 사이비언론사범 비리 등을 중점 단속대상 범죄로 선정하여 비리 근절시까지 지속적인 단속을 전개하고 있으며 그 주요내용은 다음과 같다.

1. 공직비리 등 부정부패사범 수사
공직비리 등 부정부패사범 수사의 기본방향은 입법, 사법, 행정부의 고위 공직자 및 정치인들의 권력형 비리 척결에 검찰 수사 역량을 최우선적으로 집중, 국민의 시각에서 엄정한 잣대로 검찰권 행사를 하도록 하고, 국세청, 금감원 등 사정관계기관과의 긴밀한 협조 및 반부패특별수사부(반)의 수사역량을 집결하여 실질적·체계적 단속을 도모하고, 법과 원칙에 따라 공평하고 엄정하게 검찰권을 행사하여 편파·보복수사 시비를 철저히 차단하며, 형식적 실적위주의 단속활동을 지양하고, 선량한 공직자 보호 등으로 사정의 부작용을 최소화하는 것이다.

공직비리 등 부정부패사범 수사의 중점단속분야는 첫째, 권력형 비리 즉, 정책 수립·인허가 업무, 수의계약, 납품 등 관련 금품수수와 부당한 압력·청탁, 이권 개입 등 직권남용 행위와 단속 묵인, 직무상 기밀 누설 등 직무유기 행위이다. 

둘째로는 지역 토착 비리로서 선출직 공직자, 지역 세력화된 공무원의 직무 관련 금품수수, 이권 관련 불법 청탁·알선 명목의 금품수수, 사이비 기자의 불법 이권 개입 및 금품 갈취이다. 

셋째로는 공기업 및 정부투자기관 비리로서 예산 및 수익금 불법 사용·횡령 행위, 납품·수주 등 이권 관련 금품수수, 인사 청탁 및 각종 검사·심사·평가 등 관련 금품수수이다. 

넷째로는 민간 부문 구조적 비리로서 대기업의 하청·납품·인사 관련 비리, 기업의 분식회계, 횡령, 재산 해외도피, 탈세, 하도급 비리, 회사 기밀 유출(산업 스파이), 정보지 폭력 등 신용·명예 훼손 행위이다.

공직비리 등 부정부패사범 수사의 단속방안은 첫째, 반부패특별수사부 활동 강화로 대검찰청 중앙수사부 총괄하에 일선청 반부패특별수사부를 중심으로 조직적·체계적 단속활동 전개와 특히 고위공직자, 사회지도층 비리 및 도덕적 해이가 극심하여 국민적 공분을 일으키는 분야에 특별수사역량을 집중 투입하는 것이다. 

둘째, 정보수집활동 강화로 범죄정보실 등 각 청의 정보수집 전담부서 기능을 최대한 활용하고, 비리취약분야에 대한 기획수사정보 및 고질적‧구조적 비리에 대한 구체적 정보를 발굴하며, 부정부패 신고전화, 검찰 인터넷 홈페이지 등 제보창구를 적극 활용하는 것이다. 

셋째, 유관기관과의 긴밀한 협조체제를 구축하는 것으로 경찰청, 국세청, 관세청, 금감원, 공정위 등 사정관계기관과의 긴밀한 협조체제를 마련하고, 각 청에서 자료제출, 인력지원 등 직접 긴밀한 관계를 유지하되, 필요시에는 대검에 지원 요청 방안을 협의한다. 

넷째, 법과 원칙에 따른 엄정한 검찰권 행사로 지위고하를 막론하고 원칙에 따라 공평하고 엄정하게 처리함으로써 편파‧보복수사 시비 소지를 사전에 차단하고, 충분한 양형자료 제출 및 철저한 공소유지로 반드시 죄질에 상응한 형량이 선고되도록 유도하며, 국세청과 협조하여 범법자의 불법취득 재산을 끝까지 추적, 철저히 환수한다. 

다섯째, 사정(司正)의 부작용 최소화로서 형식적 실적위주 단속활동을 지양, 선량한 공직자에 대한 음해성 무고행위를 엄단하며, 수사과정에서 충직·선량한 공직자 발견시 관계기관에 통보하며, 정보수집활동을 강화한다.

2. 공적자금 및 공공자금유발 비리 수사
공적자금 및 공공자금유발 비리 수사의 기본방향은 국민들로부터 지탄의 대상이 되고 관심이 집중되어 있는 공적자금의 투입과 손실의 원인을 제공한 비리에 대한 철저한 책임 추궁과 국가예산의 누수방지 및 공적자금회수를 도모하고, 건전한 기업풍토를 조성하기 위하여 실질적이고 내실 있는 수사활동을 전개하고, 특히 공적자금이 실질적으로 회수될 수 있도록 수사역량을 집중하고, 경제에 악영향을 주거나 정상적인 기업활동이 위축되지 않도록 부작용 발생을 최소화하고, 통계를 의식한 실적위주의 단속활동을 지양하며, 원칙과 기준에 따라 엄정하게 사건을 처리하되, 필요시에는 경제에 미치는 파장 등을 고려하여 탄력적으로 검찰권을 행사하는 것이다.

공적자금 및 공공자금유발 비리 수사의 중점 단속사항은 다음과 같다.

첫째, 공적자금 및 공공기금 손실유발 비리로금융기관 임직원의 횡령, 불법대출 등 공적자금 투입 유발비리, 분식회계 등 경영실적 조작에 의한 대출금 편취 행위, 퇴출 금융기관·부실기업 임직원의 불법 재산은닉·처분행위, 허위자료 제출에 의한 신용보증기금으로부터 생계형 창업자금, 전세자금 등 편취 행위, 기타 국민세금으로 조성된 각종 공적자금·공공기금·정부보조금 등을 편취·횡령하는 행위이다.

둘째로는 벤처기업 등 중소기업 경영활동 침해 비리로 벤처기업이 개발한 첨단기술을 도용하는 행위, 회사기밀을 유출하여 유사벤처기업을 창업하는 행위, 위장 벤처기업으로 조세·금융상 우대제도를 악용하는 행위, 기술개발보다 주가조작 등에 의한 시세차익에 주력하는 행위, 중소기업창업진흥자금 등 기업 관련 정책자금 대출 비리이다.

공적자금 및 공공자금유발 비리 수사의 단속방안은 첫째, 공적자금비리특별수사부(반) 활동 강화로 대검찰청 중앙수사부의 공적자금비리특별수사본부를 중심으로 전국 일선청에 설치된 공적자금비리특별수사부(반)의 활동 강화와 대검찰청 직속으로 설치된 공적자금비리 합동단속반 및 유관기관실무대책반의 활동 강화이다. 

둘째, 범죄정보 수집활동 강화로 인터넷이나 유관기관을 통해 수사대상으로 선정할 공적자금·공공기금 및 보조금의 종류, 지급방법 등 관리현황, 벤처기업 등 중소기업 현황 등 관련 자료를 수집·분석하고 금융기관 및 기업의 업무운영, 공공기금이나 보조금의 운영실태, 지역 여론동향 등을 분석하여 비리 혐의 소지가 농후한 부패취약 분야의 정보를 집중 수집하는 것이다. 

셋째, 유관기관과의 긴밀한 협조체제를 구축하는 것으로 유관기관 합동으로 대검찰청 직속으로 공적자금비리 합동단속반과 예금보험공사에 부실채무기업 특별조사단을 발족하여 유관기관 상시협조체제 구축, 예금보험공사, 공정거래위원회, 금융정보분석원(FIU) 등 유관기관의 자료를 이첩받아 수사자료로 활용하며, 국세청, 예금보험공사 등과 협조하여금융기관 및 부실기업 경영진들의 불법 은닉재산을 철저히 추적하여 환수가능 하도록 조치하는 것이다.

3. 법조비리사범 특별단속
법조비리사범 특별단속의 배경 및 실태를 살펴보면 다음과 같다.

첫째, 변호사 사건 수임 관련 비리 실태이다. 대검찰청의 변호사 사건수임 관련 비리 특별단속과 변호사 업계 자정노력으로 감소하였던 사건 수임 관련 비리가 최근 변호사 수의 급증, 수임사건 감소 등에 따른 변호사업계의 수임 경쟁 과열로 심각한 양상을 보였다는 점이다. 사건수임 알선료가 변호사 선임료의 20-40%대에 이르고, 성공사례비도 유사한 비율로 지급되고 있는 실정이며, 브로커들은 일정한 연결망을 구성하여 이미 수임계약한 사건에 대해서도 알선료를 지급하는 다른 변호사를 선임하도록 유인하는 등으로 변호사 업계의 시장구조를 왜곡시켜 법조계의 윤리성을 심각하게 훼손하고 있었다. 

둘째, 부정부패 척결 노력과 법조계 자체 정화노력이다. 검찰의 부정부패 척결에 대한 국민적 여망에 따라 정치권·공직자 부정부패에 대한 단속활동을 엄정하게 전개하고 있는 상황에서 여러사정활동을 강력하게 전개해 나가기 위하여는 검찰을 비롯한 법조계 자정 노력의 선행이 필요하였다. 

셋째로, 변호사 사건 수임 관련 비리 집중 단속의 필요였다.변호사의 사건수임 비리와 관련, 수사·재판의 공정성에 대한 국민의 신뢰를 잃고 있어 법조계에 대한 신뢰 회복을 위한 자체 정화 노력 일환으로 지속적이고 집중단속으로 엄정한 대처가 필요하였다.

법조비리사범 특별단속의 방안으로 특별단속기간을 설정하여 특별단속기간 중 전국적으로 집중 단속활동을 전개하였다. 중점단속대상은 다음과 같다.

첫째, 변호사 사무실의 사건수임 관련 비리로 전직 경찰관, 검찰직원 등을 고용하여 알선료를 지급하고 형사사건을 집중 수임하는 행위, 전문브로커를 통해 사건을 수임하는 행위, 법원, 검찰, 경찰 공무원에 대한 교제비 등 명목의 금품을 수수하거나, 선임료 및 성공사례비 등에 교제비를 포함시키는 행위, 변호사의 명의대여 행위이다. 

둘째로는 전문브로커의 비리로 검찰청, 법원, 경찰서, 구치소 주변 사건알선 전문브로커, 병원 주변 손해배상사건 전문브로커, 변호사 고용 변호사 사무실 운영 행위 등이다.

셋째, 수사·재판기관 공무원의 사건 소개 행위로 검찰, 법원, 경찰, 교도소 등 소속 공무원의 사건 소개 및 소개료 수수 행위이다.

이를 위해 단속전담반을 편성하였는데 전국 55개 본·지청에 법조비리단속전담반을 편성·운용하고, 특별수사부장검사 또는 특별수사담당검사를 반장으로 전담단속반을 편성, 중점 단속을 실시한다.

단속방법은 첫째, 중점 단속대상에 수사력 집중하고 중점 단속대상, 특히 변호사 사건수임비리 및 수사·재판기관 공무원의 사건 소개 관련 비리에 수사력을 집중한다. 

둘째, 변호사 선임 실태 등 첩보 수집 및 내사활동을 강화하는 것으로 범죄정보과(담당) 활동을 강화, 관내 변호사 업계의 민·형사 사건 선임 현황 및 실태 등에 대한 첩보 수집 및 분석 활동 강화, 가능한 범위 내에서 법원과의 긴밀한 협조로 민·형사 가사, 신청, 경매 사건 등에 있어 법조비리 통보받아 활용한다. 

셋째, 법조비리 신고 및 적극적 홍보로 법조비리신고센터를 통해 신고받고, 각 청 인터넷 홈페이지에 신고·접수가 가능하도록 조치하고, 특별단속 및 법조비리 신고를 홍보하는 전단지를 수사관서와 민원부서의 민원실 및 대기실 등에 배포·비치하고, 각 지역 유선방송, 각 지방변호사회 소식지, 반상회보 등을 통한 신고유도 등 각 청의 실정에 맞는 홍보방안을 수립, 적극 홍보하며, 동 사범 관련 첩보, 신고, 고소, 고발 등은 타 사건에 우선하여 신속처리하고, 신고자의 신변등 신고자 및 피해자 보호에 만전을 기한다. 

법조비리사범 특별단속의처리기준으로는 첫째, 형사처벌은 사건 알선수수료 수수 등 비리사범에 대해여는 엄중 처벌 원칙, 신병처리 문제는 원칙적으로 아래 기준에 따라 전국적 형평상 도모. 다만, 관내의 특이사정, 범행 경위, 죄질 등을 종합적으로 고려하여 탄력적 운용한다. 둘째, 징계처분은 비리변호사,직원 및 공무원에 대하여는 형사처벌 외에 징계처분을 철저히 병행하여 실질적인 제재를 가한다.

법조비리 특별단속 실적 우수청, 우수 검사 및 직원에 대하여 단속실적에 따라 적극적인 포상·수여를 한다. 단속과정에서 파악된 특이사항, 효율적 단속기법, 제도개선책 등 일선청 전파 필요사항은 즉시 보고를 요망한다. 2003.9.1.~11.30 : 260명 단속, 155명 구속하였고, 2004.4.1.~6.30. : 139명 단속, 84명 구속하였고, 2005.9.1.~12.31. : 173명 단속, 94명 구속하였다.

부정부패사범단속의 성과는 다음과 같다.
첫째, 검찰은 1999년 9월 17일 발족된 반부패특별수사본부 (본부장: 중앙수사부장)를 정점으로 전국 동시수사체제를 구축한 후, 공직자 및 사회지도층비리, 지역토착비리, 공기업 및 정부투자기관 임직원비리, 법조비리 등을 중점단속 분야로 선정, 지속적인 단속을 전개하여 특히, 부정부패에 대한 단속을 강화하여 부정부패사범 3,991명을 단속하여 그중 958명을 구속하였다. 법조계의 자체정화를 통한 국민 신뢰 회복차원에서 2005년 9월 1일부터 12월 31일까지 시행한 법조비리사범 특별단속에서는, 각급청의 관심과 노력에 힘입어 총 173명을 단속하여 94명을 구속하였다. 대검찰청 중수부의 공적자금비리 특별수사본부를 중심으로 공적자금비리에 대하여 그 어떤 다른 경우보다도 철저하고도 엄정한 책임 추궁을 하여야 한다는 사명감으로 임해오면서 단속을 실시한 결과, 지난해 230명을 단속하고, 그중 136명을 구속하였고, 수사과정에서 부실책임자의 책임재산 2,144억원을 회수하도록 통보하는 등 괄목할만한 단속성과를 거양하였다.

대검찰청,《검찰연감》대검찰청, 1996-2006