2000년대로 접어들면서 WTO를 중심으로 한 다자간 무역체계의 정착과 신지역주의의 대두, 핵심정보통신기술의 발달, 경제발전에 따른 행정수요의 변화, 남북정상회담 성사에 따른 남북경협의 새로운 국면 전개 등의 환경변화는 관세제도의 패러다임 변화를 가져왔다. 한국의 관세정책은 시대적으로 단순가공을 포함한 경공업제품의 수출촉진, 중화학 공업화, 산업균형의 발전, 민간주도형 경쟁체제의 확립정책과 함께 발전해 왔다. 이를 통해 전반적인 산업정책의 전개와 함께 수출증대를 목표로 끊임없이 변천해왔다.
우리나라의 관세제도는 1960년대에 단순가공형의 경공업 중심인 국내산업을 보호하며, 70년대에는 경제개발계획의 중점사업이었던 중화학공업에 높은 관세율을 적용함으로써 산업구조의 고도화를 도모하였다. 그 후 1980년대에는 대내외 경쟁체제를 정착시킴으로써 민간주도형 경제체제를 확립시키고, 1990년대에는 수출입면허제를 폐지하고 수출입신고제를 도입하여 관세정책을 펼쳐 나갔다. 1995년 이후 세계무역기구의 출범과 더불어 국제무역환경질서의 변화로 인해 국내 관세정책 및 제도에 관한 변화가 일어났고, 2000년 이후 질적 변화를 통한 제도적 지원방안 도입과 글로벌화된 관세협력체계를 구축하여 새로운 관세정책 및 제도의 시대를 맞이하고 있다.
우리나라의 수출입규모는 1970년 8월 관세청 개청 당시 약 28억 달러에 불과했지만 1999년에는 2,635억 달러로 94배 증가하였으며, 여행자 수도 24.5만 명에서 900백만 명으로 36배 이상 증가하였다. 이에 따른 세수의 규모도 580억 원에서 18조원으로 310배나 증가한 것이다. 이러한 양적인 성장 외에 서류 없는 전자통관체제를 구축하여 수출 95%, 수입 12%, 환급 47%를 서류 없는 (P/L, Paperless) 방식에 의하여 처리하는 등 질적인 변화가 있어 왔다. 또한 2000년도에는 관세행정의 개선을 통해 선택관세제도를 도입하여 관세율 체계를 재정비하고 과세 전 적부심사제도를 도입하여 납세자의 실질적인 권리구제를 위한 제도적 장치를 마련하였다.